银杏是具有抗活性基因能力的草药之一，银杏在保护脂质（细胞膜的组成部分）免受 自由基 伤害方面很有效。但也含有小毒物质： 氢氰酸 、白果酸、氢化白果酸、氢化白果亚酸、白果酚、白果醇。所以食用时应注意白果的食用方式。如果煮熟食用，可以使白果酸和白果二酸分解，氢氰酸沸点低易挥发而去除，因此熟白果的毒性较小。

为了预防银杏中毒，熟食、少食是其根本方法。医药界认为，生白果应控制在一天10粒左右，过量食用会引起腹痛、发烧、呕吐、抽搐等症状。有些人喜欢用银杏叶片泡水喝，这有一定的危险，银杏叶中含有有毒成分，服用剂量过大或时间较长，会危害心脏健康。